Настой полыни используют для возбуждения аппетита, при неврастении, кишечной колике. Полынь обыкновенная входит в состав микстуры Здренко для лечения папилломатоза мочевого пузыря и анацидных гастритов.
Полынь обыкновенная широко используется в гомеопатии. Полынь обыкновенную применяют также для обмывания ран, язв.
В традиционной медицине препараты полыни обыкновенной используют как болеутоляющее, потогонное, противоглистное, успокаивающее и как средство, повышающее аппетит; при почечно-каменной болезни.
Наружно полынь применяют при рахите, для орошения воспаленных слизистых оболочек полости рта, для лечения язв и долго незаживающих ран.
Отвар корней полыни обыкновенной считается эффективным средством при белях, отеках, судорогах различного происхождения. Отвар корней полыни обыкновенной на квасе применяют при эпилепсии, судорогах, круглых глистах. Надземная часть и корни полыни обыкновенной в России всегда применялась в виде экстракта при раке желудка, прямой кишки и матки, пищевода, кишечника.